Bestandteile einer Virtuellen Mikroskopie Lösung

Slide Scanner

Der Slide Scanner ist das Gerät zur Digitalisierung von histologischen Schnitten. Es gibt viele verschiedene Geräte. Diese unterscheiden sich in der Hauptsache im Scanvolumen (Geräte für 1 Schnitt oder mit Slide Loader für bis zu 300 Schnitte automatisiert nacheinander) und im Funktionsumfang (Standard-Schnitte, Fluoreszenz-Filter, TMA-Schnitte, Zytologien etc.).

Alternativ zu einem eigenen Slide Scanner kann man sich Objektträger auch als Service digitalisieren lassen.

Slide Scanner Pannoramic SCAN Slide Scanner der Firma 3DHistech

Storage

Zur Speicherung der Virtuellen Schnitte braucht man ein Storage. Biopsien beanspruchen ca. 400 MB im Durchschnitt, TMAs ca. 1 GB und Resektate ca. 1,6 GB. Als Durchschnittswert über alles kann man von 1 GB pro Präparat ausgehen. Auf einem Terabyte netto kann man also etwa 1000 Virtuelle Schnitte speichern.

Man sollte zudem auf Redundanz (z.B. Raid-System) und Datensicherheit achten. Wir nutzen z.B. externe RAID-Systeme an Standard-Servern für Dimensionen zwischen 2 und 5 Terabyte.

Alternativ zu einem eigenen Storage kann man sich Virtuelle Schnitte auch als Service hosten lassen.

Image Server

Will man Virtuelle Schnitte über ein Intranet oder das Internet zeigen, braucht man einen Webserver, der eine Slide Streaming Serversoftware enthält. Die Serverseite muss je nach Nutzungsvolumen (Anzahl Virtueller Schnitte, Anzahl gleichzeitiger Nutzer, Anzahl angeschlossener Institute, Anzahl Internetnutzer, Geschwindigkeit der Anbindung) entsprechend dimensioniert werden.

Eine einfache Lösung kommt mit einem Server aus, aufwändigere benötigen drei oder noch mehr Server zur Verteilung der Last und Gewährleistung ausreichender Geschwindigkeit.

Alternativ zu einem eigenen Server kann man sich Virtuelle Schnitte auch als Service hosten lassen.

Internetanbindung

Will man Virtuelle Schnitte nur am eigenen Arbeitsplatz oder im Intranet nutzen, braucht man natürlich auch keine Internetanbindung. Sollen jedoch Nutzer auch aus dem Internet zugreifen (Studenten, Kollegen, o.a.), braucht man eine eigene Internetanbindung. Diese muss eine Standleitung (nicht „Einwahl“) sein und sollte eine sehr gute Uploadrate bieten.

Alternativ zu eigener Internetanbindung kann man sich Virtuelle Schnitte auch als Service hosten lassen.

Software

Zur Visualisierung, Verwaltung und Bereitstellung Virtueller Schnitte über Netzwerke braucht man eine spezielle Virtuelle Mikroskopie Software. Dazu gibt es verschiedene, je nach Anwendungsfall.

VM SLide Link View

VM Slide Link View Software

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